Vegetația din Hokkaido este caracterizată de păduri de conifere specifice zonei montane (brad, molid și larice), la altitudini mari, și de păduri de arbori nordici cu lemn de esență tare combinați, la altitudini mai joase. În Honshu, întâlnim o floră de tip temperat formată din: chiparos, pin umbrelâ, brad hemlock, tisă și pin alb. În zonele depresionare întâlnim stejarul și arborele de camfor și arbori de bambus. Shikoku și Kyushu sunt vestite pentru vegetația lor perenă. Trestia de zahăr și citricele se găsesc în zonele depresionare restrânse, arborii cu frunza lată la altitudini mai mari.

     Flora se încadrează în subregiunea floristică chino-japoneză. Caracteristic pentru aceasta zonă sunt pădurile temperate umede și cele umede subtropicale. Cele temperate sunt reprezentate prin păduri de conifere, de foioase etc, iar cele subtropicale prin magnolii, bambuși, liane, etc. Aproximativ 66% din suprafața Japoniei este acoperită de păduri.

       Fauna Japoniei se caracterizează prin animale tropicale tipice regiunii de sud-est din Asia, animale ale zonei temperate coreano-chineze și animale siberice subarctice. Fauna Japoniei include și unele specii și relicve nemaiîntâlnite în regiunile înconjurătoare. Acestea populează de obicei Insulele din sudul Kyūshū-ului sau în Insulele Bonin, dar uneori chiar și insula Honshū.

           Fauna aparține subregiunilor euro-siberiană și chino-manciuriană (ursul japonez, maimuța japoneză, cocoșul japonez). Diversitatea și unicitatea peisajului arhipelagului japonez a determinat considerarea a numeroase regiuni drept parcuri naționale.